Program Tahfiz Al-Quran menjadi salah satu ciri khas unggulan yang diterapkan secara berjenjang di seluruh unit pendidikan Yayasan CMI, mulai dari PAUD hingga Pondok Pesantren. Program ini dirancang secara bertahap sesuai dengan kemampuan dan usia peserta didik di masing-masing jenjang.

Pada jenjang PAUD dan SD, program tahfiz difokuskan pada pengenalan dan penghafalan surat-surat pendek serta doa harian, sementara pada jenjang SMP, SMA, hingga Pondok Pesantren, target hafalan ditingkatkan secara bertahap hingga mencapai target juz yang lebih besar, didukung oleh metode pengajaran talaqqi dan muroja'ah yang konsisten.

Melalui program tahfiz yang terintegrasi ini, Yayasan CMI berharap setiap peserta didik tidak hanya mampu menghafal Al-Quran, tetapi juga memahami dan mengamalkan kandungannya dalam kehidupan sehari-hari, sebagai wujud nyata dari visi mencetak generasi yang berakhlak Qur'aniyah.